6月中旬，冈村宁次奔赴南京，担任中国派遣军司令官，全面指挥中国战场日军作战。由于冈村宁次在华北强化治安、政治斡旋，清剿根据地作战方面表现出色，因此日军大本营根据整体战略进行调整，即在中国战场由战略进攻变为战略防御。以夷制夷、以战养战等策略，面冈村宁次这位中国通显露出卓越的军事、政治才能，因此担此大任顺理成章。

冈村宁次上任还有一个原因，那就是太平洋战场日海军在中途岛遭到重创，无情的现实宣告，此役成为太平洋战争的转折。此前，日海合联合舰队成功偷袭珍珠港，重创美国太平洋舰队，顺利完成第一阶段战略任务。毋庸置疑，如此骄人的战绩，蒙蔽了日本人的眼睛。

日本人清楚，美国战争潜力巨大，但是转入战时状态需要一个过程，日本人的目的非常明确，就是让美国人服软。日军大本营预计美国43年夏季才可能组织反攻，因此日本联合舰队还沉寂在胜利中，错误的估计了美国人的意志。

日本海军的战略是，利用美国疲软这段时间，进一步推进战线、扩大防御圈。采用强力手段，控制澳大利亚是这一战略的重心。日陆、海军一致认为，澳大利亚将是美英反击的最大据点，可是苦于日本陆军身陷中国战场，根本没有多余的兵力发动澳大利亚登陆作战，因此切断珍珠港与澳大利亚联系迫在眉睫。日军的战略无可非议，可这不是一厢情愿的买卖。

珊瑚海海战，美日海军打成平手，由于美国航母战舰的阻扰，日军的战略计划不得不推迟。珊瑚海海战是双方舰队不约而同寻找对手，并在珊瑚海爆发航母舰队对决。这是首次航母战舰之间的较量，完全利用舰载机决定胜负，对于双方来说是公平的。远距离攻击，充分反映出双反战斗力。此役，日军损失一艘轻型航母，损失战机77架。美国损失一航母一艘驱除舰，损失战机66架，美国小胜。

此后，美国在航母战舰上出动舰载轰炸机偷袭东京，虽然这次空袭战果不大，但是足以引起日本举国震动。由此，在珊瑚海海战结束一个月后，日军大本营迅速拟定了攻击中途岛的作战计划，企图引诱美国海军太平洋舰队残存的战舰汇集中孤岛，一举而歼之。日海军必须孤注一掷，集中了全部主力战舰，与美国太平洋舰队决战。

如果日本海军能达到战役目的，那美国西海岸就会直接遭到日海军威胁。由于美国其余战舰都部署在大西洋，美国海军在短期内无法在太平洋实施有效反击。日本深知美国的军事潜力，美国巨大的工业制造能力一旦纳入战争轨道，日本几乎没有获胜的希望。所以日本期望在这种情形没有出现之前，逼迫美国坐在谈判桌前，迅速结束与美国的战争。

然而令人深感意外，此番中途岛大海战，美国海军创造了以少胜多的经典。6月5日至7日，短短3天时间双方浴血拼杀，日海军损失惨重。是役，美国海军损失了一艘航母，1艘驱除舰。147架飞机。日海军损失4艘航母，1艘巡洋舰，332架战机，阵亡3500人（包括上百名优秀的飞行员）。中途岛惨败，是日本海军驰骋大洋以来第一次毁灭性的失败。

中途岛海战惨败，沉重的打击了日海军的士气。海战的真实情况被隐瞒，当心情灰暗的日海军官兵回到东京湾海军基地，为了掩人耳目，还像模像样搞了一场盛大的庆祝活动。日海军即便隐瞒真相，但无情的现实是不会更改的，日海军主力航母战舰被击沉4艘，美日在太平洋的海军实力迅速拉近，战争的天平开始向美方倾斜，美日海军力量对比形成转折。

日本国民不知道真实情况，外人也不知道真实情况，可是作为冈村宁次心里非常清楚，中途岛海战的惨败，意为着帝国海军前途一片黑暗。而这个时候让他就任中国派遣军司令官，目的就是稳定中国战场的战局。冈村宁次在南京上任后，参谋长板横征四郎职务没有变。且不说日本海军遭到惨败，缅甸进攻失利，陆战同样令人忐忑，让日军雪上加霜。