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淡水城的改革第一次全面的铺开。各种作坊大面积的规范，便是军队也开始规范化。

吴天啸在淡水城设立了自己的旗号。旗帜设计为红底黄字黄图，以一个大大的“汉”字为旗帜主题。旗号图案便是一条黄色的五爪金龙，围着一个黄色的大“汉”字。龙图汉字象征着汉人文化，红色底面象征热血。龙的形状为马面、狗鼻、牛嘴、鹿角、蛇身、鹰爪、鱼鳞、狮尾、虾须，意义象征各个民族结合体。并在龙旗下方绣上四个“替天行道”大字。吴家军则自号为“东海好汉”，以求让大明朝廷以海盗视之，而非反军。

龙旗为东海好汉旗号，而各部则以地域的名字作为其营号。如防区在淡水城，便取淡水水师营。防区在舟山岛，便取名舟山水师营。而其营旗则以汉龙旗为主题，只是将替天行道四个字改为淡水水师营五字，或者舟山水师营。有营号自然有军制。吴天啸还自行编辑了军衔与重新整顿兵制，并在军士军服肩上增加徽章。以一个“汉”字和“五角星”来规定军衔等级。

编制规定，新兵无军衔。士兵肩上徽章则是一“汉”字，军衔为下士。五人士兵成一伍，伍头为中士，徽章为一汉字加一颗星。五伍成一队，队长少尉，徽章为一汉字二颗星，人员26人。五队成一连，连百户为中尉，徽章为一汉三星，辅助一队26人后勤火头队，百户人员157人。五连成一营，营户为校尉，徽章为二个“汉”字，附加医官4人，侦查哨兵二伍，共800人。二或三营成为一千户，千户为少校，徽章为二汉一星，加两参将编制共1603人。八千户为一军，其中一营辎重，一营工程辅助兵，将军中校二汉二星加副将、参谋四人，与文官书史共13000人。同时还允许管带者，最多有一个百户亲卫队，并有自己的百户姓氏旗号。

当然。现在吴天啸只有三千多人的兵力。除了吴大猷晋升为营户戒备舟山诸岛，贾有石升为营户戒备淡水城外，杨宏举与陈民志也都升为佐营户，在带着自己的百户队外，还要协助吴大猷与贾有石。而蒋壮与谭纶也都升为营户与陈敏新、沈南山为佐营户，组成两个亲卫营跟随吴天啸。泰赛德则带着邹达坦与达达鲁，成为近卫百户，组成一个百人勇士队，成为吴天啸身边额外的近卫。吴天啸自己则自称为大帅，统领诸军。

嘉靖十八年（1539）四月上旬。吴天啸在舟山处理完都监太监赖恩死后诸事，便带着杨影怜与王翠翘启程回淡水城，要去大规模扩张各种作坊场。

吴天啸乘着舟山号，领航淡水号与探险号，运载着大量硝石、红磷等原料物资，和从宁波府与舟山各岛招揽来的穷丁民壮，走着熟悉的海道，往淡水城驶去。

船队航行了一日夜，又到了东番岛北部区域，这里往南一二百里就是东番岛，往西三四百里就是福建承宣布政司，往北偏西就是浙江承宣布政司，偏北往东就是琉球那霸港，往东北就是扶桑。这一带是东瀛倭寇海船进入福建、广东的必经海道，也是浙江以北海商往南方至福建、广东的必经海道，是南来北往的海上交通枢纽。所以海盗、倭寇出入非常平凡，每次路过这里，吴家军都会习惯性警戒起来。

果然。船队驶入该海域不久，瞭望塔上的瞭望手便挥舞着令旗，敲打着警钟，高声呼吼到：“前方十里处，有不明船只。”

吴天啸本在船舱内与王翠翘与杨影怜说笑，听到警报后便对二女说道：“二位请在此稍息，我去看看就来。这一带常有海盗、倭寇出没。不过不用当心。以我现在的船队武力，便是三五艘倭寇船一并杀来，也讨不到好处。”说完便上了甲板查看情况。

吴天啸从望远镜中发现前面的海船只有一艘，而且离得有点远。待到船队驶近时，却是发现是一艘扶桑船。吴天啸从望远镜中看着对方桅杆上的操帆手是扶桑人，便下令到：“旗令兵，下令船队向右侧斜线一字排开，全速前进，全体准备战斗。”在吴天啸看来。现在出现的任何一艘扶桑船都将被当作倭寇处理。所以一发现是扶桑船，便不管对方是什么船，一律当作倭寇处理。其实这样也是被实际情况所迫。此时能出现在大明沿海的扶桑船，基本上都载有东瀛浪人。而东瀛浪人与倭寇根本就没有区别。

船只全速前进后，便很快拉进对方距离。在相距五里处，对方船只才发现背后有船只追来。不过那扶桑船发现背后有船只追来，不但没有跑开，反而减速等待，船上许多倭寇竟然都挤到船尾处来，还挥舞着手中的太刀嗷嗷大叫，这让吴天啸大为恼火。