随后吴大猷则被提升为舰队长，以吴家寨号、观海寨号、汉溪寨号三船组成“舟山舰队”，带领新任提拔的船长巡航舟山群岛海域，守护舟山各岛。并每月十五日往返淡水城一次，用以往来运载物资与移民人员。

贾有石也被提升为舰队长，以定远号、镇远号、训练号三船组成淡水舰队，带领新任提拔的船长，巡航淡水海域，守护淡水城。并每月初一往返舟山双屿港一次，用以运载物资与移民人员。

而吴天啸则亲自坐镇舟山号，领着淡水号与探险号，共三船组成远洋舰队，准备用以开阔航线，运送物资。而谭纶、陈敏新与沈南山则被调到远洋舰队担任船长。

至于都监太监赖恩被杀一事，便因嫁祸给倭寇而平息，只是此时舟山诸岛已被吴天啸控制。而杭州水师千户龚敬，更是向指挥使哭穷，大言无钱购买海船，无力出海绞杀倭寇。故而只可与倭寇陆战，不可海战也。

同时由于陈千鹤随后向刘显报捷，大说击退来犯倭寇，虽然五艘七百料的官船被倭寇撞毁无法修护。却是成功的将倭寇杀败，守住了舟山岛。至此事件便平息了下来。

吴天啸控制了舟山诸岛后，便下令给进出舟山码头与双屿港的货船收取保护费。规定三百料以下不收费，三百料到五百料的一艘进出港口码头一次收钱五百文，五百料到二千料的收一两银子，二千料至三千料的一艘收二两，三千料以上的一艘收五两。

不久又调来沈整，筹建舟山造船场。因为此时吴家军的扩张极为迅速，光一个淡水造船场远远不够，而在舟山岛建立造船场非常合适。因为这里本身就有树木，又离宁波府很近，可以就近向宁波府木材商采买处理好的船料。

当舟山造船场建立后，吴家军的造船能力更是大大提高，平均两月就可造一艘2000料的海船。三个月便可造一艘3500料海船，四个月可造一艘5000料海船。其实造一艘5000料海船需要大概八个月时间，但两家造船场，八个月就可以造两艘5000料海船。所以平均造船能力，整个吴家军，四个月就可以建造一艘5000料的海船。

控制了舟山诸岛，使得人口大大的增加。有了人口便可以大规模扩张，规范各个生产作坊场。火柴火药场被规范为淡水兵工场，用以生产各种军火弹药，火柴却成了附加产品。而这兵工场其中生产一种弹药，便是火铳所使用的铜头包铅子弹。这铜头铅身子弹，前半部分是铜铸造，子弹后半部分则是铜皮包裹用铅填实。一是为了节省铜原料，因为铅比铜便宜许多，这可以大大降低成本。二是为了增加杀伤力，因为铅有毒，中弹后即使不是要害，也会因毒性而发炎，这大大增加了对手的死亡率。

作坊场中又增加了皮毛加工场。这使得从东番岛土著那里换来的各种皮毛，在自己的加工场加工后，价格利润将大大的增加。还额外用猪皮、羊皮、鹿皮等兽皮制作皮靴，建立皮鞋场。编麻场也规范为纺织场，并扩张成了制衣场，为兵丁提供统一的军服与各种衣被。为了增加成衣制作速度，吴天啸依旧让工人流水线制造。先是定下衣服尺码，如皮靴一般规定特大、大、中、小等尺码，然后教授工人，按每个部位裁剪同等尺寸，再统一缝制。这种流水线制造成衣速度非常快。

而打铁场也规范为铳炮兵工场，生产各种兵器与火铳、火炮。还开采了石灰，建立石灰烧炼场生产石灰。同时因石灰添白技术，使造纸场能生产出白色光滑的白纸。并使用猪毛做牙刷建立牙刷作坊，使用皂角做香皂，成立洗发皂作坊场。铅笔场也随之建立，只是此时的铅笔场主要业务是为兵工场提炼铅条，以制造铜头包铅子弹，铅笔只是附带产品而已。

随之各种作坊场如榨糖场、畜牧场、制药作坊、蔬菜加工场、烧砖场、木炭场、晒盐场、蚊香作坊等等，都被大规模规范化。当然，这些规范都是事先做了安排，日后才慢慢铺张开的。